Раннее средневековье на территории Южного Урала ведет отсчет с эпохи Великого переселения народов, начатого движением гуннских племен на запад. Кочевники проходили, очевидно, только по самым южным, степным районам нынешней Башкирии. Но в центральные и северные районы постоянно откочевывали группы племен, стремящиеся укрыться от воинствующих кочевников.
Одной из таких групп, сравнительно хорошо изученных по археологическим памятникам, были турбаслинские племена (получили название по крупному могильнику у д. Новые Турбаслы к северу от Уфы). Их хозяйство и уклад реконструированы по поселенческим памятникам (II Ново-Турбаслинское селище, II и III Уфимские городища, Усть-Сутолокское городище и др.). Районом сосредоточения турбаслинских племен в 1 тыс. н.э. была южная часть Уфимского полуострова.
По мнению ученых, эти племена являлись тюркоизированными уграми, хотя неясно, откуда они пришли. В антропологическом отношении турбаслинские черепа принадлежат европеоидному типу. Во 2-й пол. I тыс. в Центральные районы нынешнего Башкортостана проникают из Западной Сибири полукочевые угорские племена.
Ученые считают, что это были древние венгры, которые, прожив некоторое время между Волгой и Уралом по соседству с башкирами, двинулись на запад и после продолжительных странствий основали на Дунае Венгерское государство. Древневенгерскими памятниками принято считать памятники кара-якуповской и кушнаренковской культур, открытые в 1950–1960-е гг.
Судя по археологическим памятникам, древние башкиры пришли в Приуралье в X-XI вв. в авангарде печенежской миграции, здесь они закрепились во второй половине XIII в. Археологические памятники древних башкир представлены подкурганными погребениями с немногочисленным инвентарем, которые с трудом выделяются из общей массы погребений тюркских кочевников евразийских степей раннего средневековья.
С городищем Уфа-II, расположенным в центре современной Уфы (на территории, ограниченной улицами Пушкина, Новомостовая, Октябрьской Революции и проспектом Салавата Юлаева) связана околонаучная теория о средневековом городе Башкорт, активно продвигавшаяся в 2000-х гг. группой археологов во главе с башкирским археологом Ниязом Мажитовым. Он отождествлял древнее городище с городом Башкорт, упоминаемым в средневековых источниках. Н. Мажитов утверждал, что городище являлось столицей некоего «древнего Башкортостана» с мощными крепостными стенами, наземными постройками, деревянными настилами-тротуарами и другими признаки средневекового городского поселения.
Эта теория критиковалась учёными-археологами. Так, Владимир Иванов отмечал, что археологический материал с городища не подтверждает его статус крупного города периода Золотой Орды. По его мнению, в это время Уфа-II могла быть лишь сезонным поселением или ставкой ордынского сборщика ясака.
Некоторые исследователи считали, что идея о древнем городе Башкорт могла быть мотивирована стремлением удревнить историю Уфы или продвинуть определённые националистические нарративы.
Критики Н. Мажитова указывали на отсутствие доказательств того, что городище Уфа-II — именно Башкорт, упоминаемый в средневековых источниках. Сомнение вызывала и интерпретация некоторых находок (например, деревянных настилов как «тротуаров»). Археологи указывали на недостаточную плотность распределения керамических фрагментов на квадратный метр для городского статуса поселения.
Директор Института истории АН РТ Рафаэль Хакимов напрямую обвинял башкирских археологов в фальсификации истории, указывая на отсутствие преемственности между ранними поселениями и более поздним городом Уфой. Он отмечал, что городище «Уфа-II» было основано носителями именьковской археологической культуры (IV–VII вв. н. э.), которую большинство исследователей считают праславянской, а не тюркской или башкирской. Известно, что сподвижники Н. Мажитова находили на большой глубине раскопа христианский крестик, но эта находка впоследствии «куда-то спряталась» (факт её обнаружения отражён в специальной литературе), что породило дополнительные слухи и подозрения.
Ещё один аспект дискуссий касался теории Н. Мажитова о существовании в прошлом мощного средневекового государства Башкортостан, что также не получило признания в научном сообществе. Важно отметить, что эти споры в основном касались интерпретации данных и исторических реконструкций, а не подделки или манипулирования самими артефактами. Нет прямых доказательств того, что башкирские археологи намеренно подделывали археологические находки. Тот факт, что часть культурного слоя была уничтожена в результате земляных работ в XIX-XX вв. затрудняло реконструкцию истории городища.
Самыми древними памятниками, связанными с мусульманской историей и культурой на территории края, принято считать мавзолеи-усыпальницы Тура-хана, Хусейн-бека, Малый кешене вблизи п. Чишмы и мавзолей Бэндэбике в Кугарчинском р-не РБ (XII–XIII вв.). Эта группа памятников является самой северной из всех известных подобных памятников мусульманской архитектуры.
