Медресе «Саидул» в деревне Муллакаево нынешнего Баймакского района в конце XIX века стало фактически светским учебным заведением, работающим по «новометодному» принципу Известно, что одним из первых учебных заведений, перешедших к преподаванию на новых основаниях, было знаменитое Стерлибашевское медресе, которое было открыто еще в 1729 г. Наибольшую известность это медресе получило в 1812 – 1870 гг., когда в нем работали известные религиозные просветители, отец и сын Ниматулла и Харрис Биктимировы. Появившиеся в 80-90-е гг. XIX в. медресе «Усмания» (Уфа), «Расулия» (Троицк), «Хусаиния» (Оренбург), открытое в 1906 г. в Уфе медресе «Галия»